一般谷子常見的有白發、黑穗、紅葉、谷瘟病害和螻蛄、粟灰螟、粘蟲等蟲害。

由于預防措施得當，推廣幾年來，有機黑小米卻很少發生那些病蟲害。這就體現了研究技術以及預防措施的重要性。

病蟲害防治是為了減輕或防止病原微生物和害蟲危害作物或人畜，而人為地采取某些手段，一般可以分為采用殺蟲劑等化學物質進行的化學防治和利用光或射線等物理能或建造障壁的物理防治。種植有機黑小米的過程中，主要采取以下物理防治措施：

1.適時播種。不得早播，時間為小滿節后十天期內，即5月21日至6月5日。目的是為了使谷子的開花期避開連陰雨季，保持充足的日照光曬，防止谷瘟病。這同農諺“曬出米，淋出秕”相一致。

2.鹽水浸種。以清除草籽秕種，預防白發病和黑穗病。嚴禁藥劑拌種。

3.田間后期管理。即谷子抽穗后，要拔除病株，去雜去劣。預防白發病，是將拔除的病株不喂養牲畜，須選離基地深埋或燒掉。

4.輪作倒茬，越冬防止。秋耕壯壟強調深耕，揀凈谷茬，清除幼蟲和蟲卵。

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